Действия Resonance of Fate происходят в далеком будущем, когда загрязнение атмосферы почти привело к уничтожению жизни на Земле. Однако остаткам человечества удалось построить очистительную систему, вокруг которой образовалась новая цивилизация. Пользователям предстоит присоединиться к компании главных героев, которые являются наемниками и выполняют различные поручения местных жителей.