Атмосфера и сеттинг Final Fantasy IX сильно отличается от игр-предшественниц Final Fantasy VII и Final Fantasy VIII. Разработчики решили использовать более традиционные фэнтэзийные элементы, игра впитала дух оригинальной Final Fantasy и получилась похожей на более ранние части серии.
Действия игры происходят в вымышленном волшебном мире Гея. Сюжет основан на военном противостоянии между несколькими нациями, разожжённом амбициозной королевой Браной. Игрок отслеживает историю молодого вора по имени Зидан Трибал, который объединяется с другими персонажами для того, чтобы остановить эту злую королеву и вернуть на землю мир.