Если сравнивать с оригинальной игрой, то в этот раз разработчики обещают открытый мир, который будет генерироваться для каждого игрока отдельно. В этом городе каждое здание будет иметь полноценную схему внутренних помещений с высокой степенью интерактивности.
Игрок Frozen Synapse 2 контролирует тайную спецгруппу и перемещать нужно будет по миру очень осторожно, но если схватки не избежать, то можно будет выбрать, где разобраться с противниками - в открытом пространстве или же в помещениях с запутанной схемой. Появится механика стелса (занимать позиции в бою до его начала), ИИ и система приказов будет улучшена - бойцы смогут переключаться между двумя планами действий в зависимости от новых обстоятельств.