Борись вместе со своими братьями-черепашками в канализации, подземке и на улицах Нью-Йорка, для того чтобы победить Шредера и Кренга, а также их Клан Футов. Используйте боевые приемы и сильные командные комбинации для того, чтобы спасти Манхеттен от непреодолимых темных сил, набирающих силы в тенях.