Сюжетная линия рассказывает нам о главном герое по имени Рё Хадзуки, который стал свидетелем убийства своего отца, совершенного неким Лан Ди, укравшим при этом загадочный артефакт “Зеркало Драконов”. В первой части серии юноше предстоит исследовать японский город Йокосука в поисках информации, которая может помочь ему выследить убийцу, а в Shenmue II Рё пересечет море и отправится в Гонконг, чтобы окончательно раскрыть тайну “Зеркало Драконов” и отомстить за смерть отца.